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Un agent biologique est un micro-organisme (bactérie, spore de microchampignon, virus), un parasite, une culture cellulaire ou une toxine. On parle d'agent infectieux si cet agent est susceptible de provoquer une infection, une allergie ou une intoxication chez son hôte. Cet agent peut être vivant ou non (ex : les virus ne sont pas vivants, ni le prion pathogène, mais ils sont classés parmi les agents biologiques). Hormis pour le prion de la vache folle (identique à celui qui est l'agent de la maladie de Creutzfeldt-Jakob chez l'homme) ou celui qui est responsable de la maladie débilitante chronique, ils sont identifiés notamment par leur nom latin de genre et d’espèce.
Les agents biologiques vivant ont besoin de nourriture et de certaines conditions environnementales pour survivre et leur durée de vie est également limitée. Certains peuvent sporuler ou survivre à la congélation.